請求書の保存期間は何年？個人事業主・法人別の保管ルールと電子保存を解説

取引先に発行した請求書、受け取った請求書。どちらも「いつまで保管すればいいのか」「捨ててしまって大丈夫か」と迷う場面は多いものです。請求書の保存期間は、個人事業主か法人か、青色申告か白色申告かによって考え方が変わります。さらに2024年からは電子取引データの電子保存が義務化され、紙だけでなくデータの扱いも避けて通れなくなりました。この記事では、保存年数の基本から電子帳簿保存法の要件まで、経理担当者・個人事業主が実務で迷わないように整理します。

保存年数や電子帳簿保存法の要件は、税制改正や運用見直しで変わることがあります。本記事は一般的な考え方を示すものであり、最終的な年数や自社のケースの判断は、必ず国税庁の最新情報や顧問税理士など専門家にご確認ください。

請求書はなぜ保存が必要なのか

請求書は、売上や経費の事実を裏づける「証ひょう書類」のひとつです。税務調査が入ったときに、申告内容が正しいことを示す根拠になります。保存していないと、経費として認められなかったり、消費税の仕入税額控除が受けられなかったりするおそれがあります。

特にインボイス制度（適格請求書等保存方式）の開始後は、仕入税額控除を受けるために適格請求書（インボイス）の保存が原則必要になりました。「とりあえず取っておく」ではなく、ルールに沿って正しく保存することの重要性が増しています。

請求書のデジタル化や運用の全体像については、請求書の電子化を進める手順もあわせて確認すると、保存と発行の流れがつかみやすくなります。

個人事業主と法人で保存期間はどう違う？

保存期間は、事業形態と申告方法によって考え方が分かれます。以下は一般的な目安です。具体的な年数は事情によって異なるため、最終的には国税庁の案内でご確認ください。

区分	申告方法	請求書などの保存期間の目安
個人事業主	白色申告	おおむね5年
個人事業主	青色申告	おおむね7年
法人	―	おおむね7年（欠損金が生じた事業年度などは最長10年）

ポイントを整理します。

• 個人事業主の場合、請求書や領収書などの証ひょう書類は申告方法によって保存年数が変わります。青色申告のほうが長く求められる傾向があります。
• 法人の場合、帳簿書類は原則として一定年数の保存が必要で、赤字（欠損金）が出た事業年度などは保存期間がさらに長くなるケースがあります。
• 消費税の課税事業者は、消費税法上の保存要件も別途関わってきます。
• 起算点は「申告期限の翌日」など書類ごとに定められており、書類を受け取った日や発行した日そのものではない点に注意が必要です。

迷ったときは短いほうではなく長いほうに合わせて保管しておくと安全です。法人は7年、欠損金がある年度や長期保存が関わるケースでは10年を目安にしておくと、後から困りにくくなります。

紙と電子、それぞれの保存方法

請求書の保存方法は、大きく「紙のまま保存」と「電子データで保存」に分かれます。

紙で保存する場合は、取引先別・月別などで整理し、ファイリングして保管します。シンプルですが、年数がたつほど保管スペースを圧迫し、必要なときに探し出すのに時間がかかるのが難点です。

電子で保存する場合は、検索や保管が格段に楽になります。ただし、後述する電子帳簿保存法の要件を満たす必要があります。スキャナ保存の細かいルールや始め方は、電子帳簿保存法に対応した書類保存ガイドで整理しているので、社内ルールを作る前に目を通しておくと安心です。

自分が発行する請求書については、クラウドの請求書サービスを使うと、発行と同時に控えがクラウド上に保存され、保管漏れを防げます。たとえばMisocaで請求書を作成・クラウド保存する↗流れにすれば、発行した請求書のデータが自動的に残るため、紙の控えをファイリングする手間がなくなります。発行業務の効率化と保存対応を一度に進めたい個人事業主・小規模法人に向いています。

電子帳簿保存法と電子取引データの保存義務

ここが近年もっとも注意すべきポイントです。電子帳簿保存法では、保存方法を大きく3つに区分しています。

1. 電子帳簿等保存（自分が最初から電子で作成した帳簿・書類をデータのまま保存）
2. スキャナ保存（紙で受け取った書類をスキャンして画像データで保存）
3. 電子取引データ保存（メールやサイト経由でやり取りした電子データを電子のまま保存）

このうち3つ目の「電子取引データ保存」は、原則として義務です。メールにPDFで届いた請求書、ダウンロードした請求書データなどは、紙に印刷して保存するだけでは要件を満たさず、電子データそのものを保存する必要があります。受け取った請求書の電子保存の進め方は、受領した請求書を電子で保存する方法で具体的に解説しています。

電子データ保存で求められる主な要件

電子取引データを保存する際は、おおむね次の要件を満たすことが求められます。

• 真実性の確保：タイムスタンプの付与、訂正・削除の履歴が残るシステムの利用、または事務処理規程の整備のいずれかで、データが改ざんされていないことを担保する。
• 可視性の確保：ディスプレイやプリンタなどを備え、データをいつでも明瞭な状態で確認・出力できるようにする。
• 検索要件：「取引年月日」「取引金額」「取引先」の3項目で検索できる状態にしておく。

検索要件については、ファイル名に「日付・金額・取引先」を規則的に付けて整理する方法でも対応できますが、件数が増えると手作業では負担が大きくなります。受領した請求書まで含めて電子保存に対応したい場合は、会計とつながったクラウドサービスの利用が現実的です。freeeで受領請求書まで電子保存に対応する↗と、検索要件を満たした形でデータが管理され、会計処理との連携もまとめて進められます。中規模以上で取引件数が多い事業者ほど、システムでの対応メリットが大きくなります。

なお、要件への対応が間に合わない場合の猶予措置などが設けられているケースもあります。自社が対象になるかは状況によって異なるため、適用関係は国税庁の案内や税理士に確認してください。

よくある質問

請求書の控え（発行した側の控え）も保存が必要ですか？

はい。請求書は受け取った側だけでなく、発行した側も控えを保存する必要があります。クラウドの請求書発行サービスを使えば、発行と同時に控えデータが残るため、保存漏れを防ぎやすくなります。紙で発行している場合は、控えのファイリングを忘れないようにしましょう。

メールでPDFが届いた請求書は、印刷して紙で保存すればよいですか？

電子取引データ保存の対象になるため、原則としてPDFなどの電子データそのものを保存する必要があります。印刷した紙だけの保存では要件を満たさない扱いになります。データを保存したうえで、検索できる状態に整えておきましょう。

保存期間が過ぎた請求書はすぐ捨てて大丈夫ですか？

保存期間は書類の種類や事業形態、欠損金の有無などで変わります。年数の起算点も書類ごとに異なるため、自己判断で短く見積もるのは避けたほうが安全です。捨てる前に、国税庁の最新情報や顧問税理士に確認することをおすすめします。

個人事業主でも電子帳簿保存法の対象になりますか？

はい。電子取引データ保存の義務は、法人だけでなく個人事業主・フリーランスも対象です。メールやサイト経由で請求書データをやり取りしている場合は、規模にかかわらず対応が必要になります。

まとめ

• 請求書は売上・経費を裏づける証ひょう書類で、税務調査や仕入税額控除のために正しい保存が必要。
• 保存期間の目安は、個人事業主の白色申告でおおむね5年、青色申告でおおむね7年、法人はおおむね7年（欠損金がある年度などは最長10年）。最終確認は国税庁へ。
• 起算点は「申告期限の翌日」など書類ごとに定められており、受領日・発行日とは限らない点に注意。
• 電子取引データ（メール添付のPDFやダウンロードした請求書）は、印刷保存ではなく電子データのまま保存することが原則義務。
• 電子保存では真実性・可視性・検索要件を満たす必要があり、件数が多いならクラウドサービスでの対応が現実的。発行はMisoca、受領まで含めるならfreeeなど、自社の取引量に合わせて選ぶとよい。